你这个问题本身就提得有问题。
有独立见解和敢于批评老师这是两码事，有独立见解不等于一定要批评老师，批评老师也不等于有独立见解。你把这两件事硬是纠缠在一起。
鼓励孩子有独立见解，做到不人云亦云，这是对的。作为老师，孩子创新精神的培养就是要鼓励敢于质疑，敢于提出个人看法的行为，不人云亦云。作为老师，也要有承认错误，改进不足，纠正谬误的勇气，也要有接纳质疑的雅量。
涉及到知识，老师不可能是全能全知，肯定会有空白和短板，学生对老师质疑，给老师纠错，都是很正常的事。谈不上批评。
至于能不能批评老师，当然是可以的。天下有什么人可以不在批评之列？应该没有。
问题是因什么而批评？为什么而批评？通过什么方式来批评？想通过批评达到什么目的？
孩子批评老师是一个不必禁止，但值得谨慎对待的事。孩子心智不成熟，自主管理能力不强，是非判断能力差，老师在管理中势必有认知上的矛盾，行为上的对立，一味鼓励孩子批评老师，不反思自己的错误，很可能导致对孩子的纵容。
一个整天琢磨批评老师的孩子，不会是真正有独立见解的人。反而会培养出严以待人，宽以待己，甚至桀骜不驯，固执己见的人。
一个纵容孩子批评老师的家长，只会助长孩子吹毛求疵，不知反思的毛病。
老师教育过程中有什么问题，可以通过适当的方式去提醒，去沟通，从而使问题得以解决，而不是简单地去鼓励，更不能怂恿纵容。否则，受伤的一定是你和你的孩子。
独立独立见解能力需要从小培养，长大成人后才可能不人云亦云。作为学生不要以为批评老师就是不人云亦云了，老师是传道解惑的人。学生是从老师处学习解惑之道的人搞明白你和老师的职责。不要以为顶撞老师就是特立独行，有个性，这是个混蛋逻辑，尊重老师是学生的必然素质，当你的学时和能力足够强大的时候，老师的做法和观点有错的时候，当然可以批评，但绝不是情绪话的信口雌黄的胡乱批评。，以彰显自己不是人云亦云！
我们的祖先一直在教导做人是要外圆内方，独立的见解是属于自己个人思想层面，楼主的问题前半部分的意思，很对，不能人云亦云，不要有从众心理，需要有自己的见解。
但批评老师这个“批评”就不对了，什么叫批评？你错我对，所以我有资格批评你。批评背后有位置的关系、身份的关系，谁有权利批评另外一个人？除了工作上下级关系，部队特殊集体的关系，就连家庭里我们都不支持父母凭着自己是父母就可以批评孩子，何况尊师重教的千年古国？
有意见可以提，那和“批评”是完全不一样的两种心理。老师也不是完人，学生有意见可以表达，但绝对不叫批评。
父母更不是完人，更会自以为是的做错，孩子也可以表达自己的心声，但不叫批评。
鼓孩子有独立见解，不是教孩子没有礼貌，可以跟老师提合理化建议，但不能没大没小批评老师。敢批评老师的孩子，一是缺乏正确的家教引导，二是情商太低。其思想和行为不利于以后的发展。
鼓励孩子有独立见解，在任何事情上都不要人云亦云，这和培养孩子实是求是的做人态度是一致的，即在任何场合下，都要真诚地、尽量有高度地看待一个问题，而不是仅仅顺从于他人的思想或某种习俗。这实际上就是在培养孩子的批判意识。培养儿童的批判意识应该是教育中的一项重要任务。对于中小学生，尤其是小学生，批判意识的培养并不一定要求孩子提出什么新观点来，而是首先让他敢于讲出自己的想法。最典型的就是让孩子敢于对教师的一些言行提出质疑。因为教师是儿童遇到的第一个“权威”，孩子对老师的崇拜和惧怕是天然的。在日常生活中，家长应通过对一些事情的态度来告诉孩子，在和老师的相处中既要尊重老师，又要有平等意识，不要惧怕或盲目崇拜，当老师有错误的时候，要有勇气说老师错了。
独立思考的标志是可以向老师提出质疑而不是批评！
今天他能批评老师，明天他就能批评你，信不？